很快，这件事情就传到了慈圣皇太后的耳朵里，皇太后从小是在民间长大的，因此她对国家的整个局势比久居深宫的儿子看得更加透彻。而此时她当然清楚自己的儿子在打什么主意，但是她也明白，这么大一个国家靠万历皇帝自己一个人来管理是不可能管理好的，而且在她看来儿子也比不上老谋深算的张居正。
慈圣皇太后是比较明事理的人，她清楚张居正的顾虑，但是她更清楚在制度严明的明朝，出身于科甲的首辅大臣不可能做出夺权的事情。即使张居正威望再高，也不会对自己儿子的皇位构成威胁，反而会尽心地辅佐皇帝。所以，对于张居正为了自保想退位的做法，皇太后是不赞同的，而且她一次次极力地挽留张居正。
于是，皇太后在警告万历皇帝之后，又嘱咐他：“与张先生说，各大典礼虽是修举，内外一切政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝托付，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后再不必兴此念。”
其实，本来万历皇帝一腔热血想要亲政，想要做出惊天动地的业绩，反而被皇太后的一番话给浇了冷水。虽然万历皇帝比较自负，对皇太后的话十分不服气，但是皇太后毕竟是自己的母亲，是不会害自己的。因此，最后万历皇帝还是妥协了，但他却将心里积压的怨气都算到了张居正的头上。也许，从这个时候开始，怨恨的种子便慢慢地萌芽了。